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第３区 区間記録
第 3 区 （8.5km：斐川直江⇒平田図書館前）区間記録：伊達 秀晃（東海大学）24:24（2006・第18回大会）
| 順位 | № | 氏名 | チーム名 | タイム |
| 1 | 19 | 中野 良平 | 第一工業大学 | 24分37秒 |
| 2 | 12 | 大西 智也 | 東洋大学 | 24分41秒 |
| 3 | 5 | 深津 卓也 | 駒澤大学 | 24分42秒 |
| 4 | 1 | 吉田 憲正 | 東海大学 | 25分17秒 |
| 5 | 2 | 笹谷 拓磨 | 日本大学 | 25分36秒 |
| 6 | 6 | 竹澤 健介 | 早稲田大学 | 25分37秒 |
| 7 | 9 | 小山 大介 | 山梨学院大学 | 25分47秒 |
| 8 | 7 | 三浦 隆稔 | 中央学院大学 | 25分53秒 |
| 9 | 16 | 関谷 宜輝 | 京都産業大学 | 25分56秒 |
| 10 | 15 | 西野 智也 | 立命館大学 | 25分58秒 |
| 11 | 20 | 佐竹 一弘 | 日本文理大学 | 26分21秒 |
| 12 | 8 | 濱崎 達規 | 亜細亜大学 | 26分23秒 |
| 13 | 3 | 西沼 佑司 | 北海道学連選抜 | 26分27秒 |
| 14 | 11 | 佐藤 辰準 | 帝京大学 | 26分31秒 |
| 15 | 10 | 水越 智哉 | 中央大学 | 26分42秒 |
| 16 | 22 | 濵 克徳 | 大東文化大学 | 26分46秒 |
| 17 | 13 | 沖田 修一 | 北信越学連選抜 | 27分09秒 |
| 17 | 21 | Owen Washburn | 米国IVYリーグ選抜 | 27分09秒 |
| 19 | 14 | 田中 智博 | 愛知工業大学 | 27分13秒 |
| 20 | 18 | 岩見 龍昇 | 中国四国学連選抜 | 27分23秒 |
| 21 | 17 | 金地 直哉 | 広島経済大学 | 28分12秒 |
| 22 | 4 | 飛田 将孝 | 東北学連選抜 | 28分29秒 |