第3区（8.5km：斐川直江⇒平田中ノ島前）
区間記録：久保田 和真（青山学院大学）24:11（2015・第27回大会）
| 順位 | № | 氏名 | フリガナ | チーム名 | タイム | 備考 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 8 | 關 颯人 | ｾｷ ﾊﾔﾄ | 東海大学 | 24分50秒 | |
| 2 | 9 | 塩尻 和也 | ｼｵｼﾞﾘ ｶｽﾞﾔ | 順天堂大学 | 24分51秒 | |
| 3 | 6 | 服部 弾馬 | ﾊｯﾄﾘ ﾊｽﾞﾏ | 東洋大学 | 24分59秒 | |
| 4 | 1 | 下田 裕太 | ｼﾓﾀﾞ ﾕｳﾀ | 青山学院大学 | 25分16秒 | |
| 4 | 3 | 工藤 有生 | ｸﾄﾞｳ ﾅｵｷ | 駒澤大学 | 25分16秒 | |
| 6 | 11 | 大森 澪 | ｵｵﾓﾘ ﾚｲ | 中央学院大学 | 25分20秒 | |
| 7 | 7 | 武田 凜太郎 | ﾀｹﾀﾞ ﾘﾝﾀﾛｳ | 早稲田大学 | 25分21秒 | |
| 8 | 10 | 富安 央 | ﾄﾐﾔｽ ｱｷﾗ | 日本体育大学 | 25分24秒 | |
| 9 | 2 | 佐藤 孝哉 | ｻﾄｳ ﾀｶﾔ | 山梨学院大学 | 25分27秒 | |
| 10 | 16 | 寺西 雅俊 | ﾃﾗﾆｼ ﾏｻﾄｼ | 京都産業大学 | 25分33秒 | |
| 11 | 12 | 畔上 和弥 | ｱｾﾞｶﾞﾐ ｶｽﾞﾔ | 帝京大学 | 26分08秒 | |
| 12 | 4 | 原 由幸 | ﾊﾗ ﾖｼﾕｷ | 北海道学連選抜 | 26分34秒 | |
| 13 | 17 | 大沼 優 | ｵｵﾇﾏ ﾏｻﾙ | 広島経済大学 | 26分44秒 | |
| 14 | 14 | 生川 智章 | ﾅﾙｶﾜ ﾄﾓｱｷ | 愛知工業大学 | 26分47秒 | |
| 15 | 18 | 井野口 慎之輔 | ｲﾉｸﾁ ｼﾝﾉｽｹ | 中国四国学連選抜 | 27分03秒 | |
| 16 | 20 | 與儀 達朗 | ﾖｷﾞ ﾀﾂﾛｳ | 日本文理大学 | 27分15秒 | |
| 17 | 19 | 城ヶ﨑 大地 | ｼﾞｮｳｶﾞｻｷ ﾀﾞｲﾁ | 第一工業大学 | 27分19秒 | |
| 18 | 21 | Christopher Bendtsen | ｸﾘｽﾄﾌｧｰ ﾍﾞﾝﾂｾﾝ | アイビーリーグ選抜 | 27分39秒 | |
| 19 | 5 | 本間 涼介 | ﾎﾝﾏ ﾘｮｳｽｹ | 東北学連選抜チーム | 27分40秒 | |
| 20 | 13 | 五十嵐 大義 | ｲｶﾞﾗｼ ﾀｲｷﾞ | 北信越学連選抜 | 28分46秒 | |
| - | 15 | - | - | 関西学院大学 | - |
